O Projeto Acalanto Natal se estrutura da seguinte maneira:
Assembleia Geral: Composta pela reunião de todos os associados regularizados, podendo ser ordinária ou extraordinária. Órgão soberano.
Diretoria Executiva: Composta pelo Presidente, Vice-presidente, 1º Secretário, Segundo Secretário, Primeiro Tesoureiro, Segundo Tesoureiro.
Conselho Fiscal: Composta por três conselheiros, sendo todos associados regularizados.
Departamentos: O4 com atividades fins (Ação Social, Psicologia, Jurídico, Educação) e 03 com atividades meios (Comunicação, Tecnologia da Informação, Eventos).